| Titre : | Caractérisation de souches de Cyanobactéries | | Type de document : | TFE | | Auteurs : | Mathilde Beaudry, Auteur | | Editeur : | Angleur : HELMo Sainte-Julienne | | Année de publication : | 2015 | | Note générale : | Travail de fin d'études (TFE) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2015 | | Langues : | Français (fre) | | Résumé : | Les cyanobactéries sont des micro-organismes singuliers. Elles sont capables de photosynthèse oxygénique, ce qui leur a permis de jouer un rôle majeur dans l’évolution.
Les cyanobactéries sont en grande partie de couleur bleu-vert mais il en existe également des rouges ou des brunes. Très diversifiées morphologiquement, elles peuvent être unicellulaires ou filamenteuses, coloniales ou isolées et posséder parfois une enveloppe mucilageneuse. Elles ont la structure des bactéries Gram-négatives.
Leur caractérisation permet de faire entrer de nouvelles souches de cyanobactéries dans la collection de cyanobactéries BCCM/ULC. Elle se déroule en deux parties : la caractérisation morphologique et la caractérisation biomoléculaire.
La caractérisation morphologique se base sur l’observation microscopique des souches et la prise de plusieurs mesures des cellules. On réalise la description de la forme, de la couleur de la présence ou non d’hétérocystes.
La caractérisation biomoléculaire est réalisée par séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et celui de l’ITS de l’opéron de l’ARN ribosomique (ARNr). Ces gènes servent de marqueurs phylogénétiques. L’ARN 16S correspond à la petite sous-unité du ribosome chez les procaryotes. Les séquences obtenues sont traitées puis comparées à celles contenues dans une banque de données (GenBank) dans le but de trouver les séquences apparentées à la séquence d’intérêt. Un arbre phylogénétique est réalisé, il rassemble les séquences des nouvelles souches caractérisées et les séquences des souches les plus proches.
J’ai caractérisé morphologiquement treize souches de cyanobactéries pour permettre leur entrée dans la collection BCCM/ULC. De ces souches, une seule avait assez de biomasse pour que son ADN génomique soit extrait, amplifié puis séquencé. Pour la caractérisation biomoléculaire, j’ai donc extrait, en plus, l’ADN génomique de treize autres souches, déjà présentes dans la collection BCCM/ULC mais pas encore caractérisées génétiquement. Sur les quatorze souches dont l’ADN génomique a été extrait et amplifié par PCR, neuf amplicons ont été envoyés au séquençage. Les séquences obtenues ont permis la réalisation d’un arbre phylogénétique de vingt-six souches avec les séquences apparentées aux séquences des souches nouvellement caractérisées. |
Caractérisation de souches de Cyanobactéries [TFE] / Mathilde Beaudry, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2015. Travail de fin d'études (TFE) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2015 Langues : Français ( fre) | Résumé : | Les cyanobactéries sont des micro-organismes singuliers. Elles sont capables de photosynthèse oxygénique, ce qui leur a permis de jouer un rôle majeur dans l’évolution.
Les cyanobactéries sont en grande partie de couleur bleu-vert mais il en existe également des rouges ou des brunes. Très diversifiées morphologiquement, elles peuvent être unicellulaires ou filamenteuses, coloniales ou isolées et posséder parfois une enveloppe mucilageneuse. Elles ont la structure des bactéries Gram-négatives.
Leur caractérisation permet de faire entrer de nouvelles souches de cyanobactéries dans la collection de cyanobactéries BCCM/ULC. Elle se déroule en deux parties : la caractérisation morphologique et la caractérisation biomoléculaire.
La caractérisation morphologique se base sur l’observation microscopique des souches et la prise de plusieurs mesures des cellules. On réalise la description de la forme, de la couleur de la présence ou non d’hétérocystes.
La caractérisation biomoléculaire est réalisée par séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et celui de l’ITS de l’opéron de l’ARN ribosomique (ARNr). Ces gènes servent de marqueurs phylogénétiques. L’ARN 16S correspond à la petite sous-unité du ribosome chez les procaryotes. Les séquences obtenues sont traitées puis comparées à celles contenues dans une banque de données (GenBank) dans le but de trouver les séquences apparentées à la séquence d’intérêt. Un arbre phylogénétique est réalisé, il rassemble les séquences des nouvelles souches caractérisées et les séquences des souches les plus proches.
J’ai caractérisé morphologiquement treize souches de cyanobactéries pour permettre leur entrée dans la collection BCCM/ULC. De ces souches, une seule avait assez de biomasse pour que son ADN génomique soit extrait, amplifié puis séquencé. Pour la caractérisation biomoléculaire, j’ai donc extrait, en plus, l’ADN génomique de treize autres souches, déjà présentes dans la collection BCCM/ULC mais pas encore caractérisées génétiquement. Sur les quatorze souches dont l’ADN génomique a été extrait et amplifié par PCR, neuf amplicons ont été envoyés au séquençage. Les séquences obtenues ont permis la réalisation d’un arbre phylogénétique de vingt-six souches avec les séquences apparentées aux séquences des souches nouvellement caractérisées. |
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