| Titre : | Diagnostic des agents bactériens responsables du flétrissement de la pomme de terre au Grand-Duché de Luxembourg | | Type de document : | TFE | | Auteurs : | Lena Kayls, Auteur | | Editeur : | Angleur : HELMo Sainte-Julienne | | Année de publication : | 2018 | | Importance : | 55 p. | | Présentation : | ill. en couleur | | Note générale : | TFE (Travail de fin d'études) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2018 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Flétrissement bactérien de la pomme de terre (pourriture annulaire et pourriture brune) Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (Cms) Ralstonia solanacearum (Rs) Administration des Services Techniques de l’Agriculture au Grand-Duché de Luxembourg Service de phytopathologie Test d’immunofluorescence (Test IF) PCR en temps réel Faux positifs Rs causés par Advenella Kit de purification d’ADN avec billes magnétiques | | Résumé : | Le flétrissement bactérien de la pomme de terre est provoqué par Ralstonia solanacearum (Rs) et Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (Cms). Ces deux agents bactériens sont classés parmi les maladies de quarantaine. Etant donné que les symptômes ne sont souvent visibles quand fin de saison, il est important de réaliser des tests de dépistage afin de détecter leur présence et de pouvoir prendre des mesures. C’est pour cela qu’il existe une surveillance obligatoire de Cms et de Rs au niveau européen. Au Grand-Duché de Luxembourg, cette surveillance est appliquée par l’Administration des Services Techniques de l’Agriculture (ASTA).
Les deux tests de dépistage réalisé au Grand-Duché de Luxembourg sont le test d’immunofluorescence (IF) et la PCR en temps réel. Le test IF est réalisé en premier et seulement si celui-ci est positif, la PCR en temps réel est faite. Si celle-ci est également positive, l’échantillon est envoyé dans un laboratoire externe et subit des tests supplémentaires, pour avoir une confirmation.
La problématique de ce travail est de trouver comment éliminer les faux positifs de Rs et de trouver une méthode de purification pour la PCR, pouvant être automatisée, cela afin de pouvoir rédiger un nouveau protocole adapté au diagnostic de Cms et Rs.
Afin d’éliminer les faux positifs de Rs, causés par une réaction croisée avec différentes espèces d’Advenella, l’ancienne sonde de PCR quantitative (RS-P) est comparée avec une nouvelle sonde (RSP-55T). Ensuite cette nouvelle sonde est testée à différentes concentrations de Master mix et avec différents paramètres du thermocycleur.
Dans une deuxième partie du travail, le kit de purification le plus adapté à une automatisation est recherché. Tout d’abord, le kit de purification « NucleoMag Tissue » et le « NucleoMag DNA Food » sont comparés selon le mode opératoire du fabricant. Cela, afin de déterminer le kit le plus approprié à une purification de Cms et Rs.
Ensuite le « NucleoMag Tissue » est testé en variant différents paramètres tels que la température d’incubation et la fréquence du broyage supplémentaire. Cela, afin d’augmenter l’efficacité de la purification et d’améliorer les résultats.
| | Nom de la société/Institution/Lieu de stage : | Services Techniques de l'Agriculture (ASTA) | | Année académique : | 2017-2018 | | Etudes : | Technologue de laboratoire médical |
Diagnostic des agents bactériens responsables du flétrissement de la pomme de terre au Grand-Duché de Luxembourg [TFE] / Lena Kayls, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2018 . - 55 p. : ill. en couleur. TFE (Travail de fin d'études) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2018 Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Flétrissement bactérien de la pomme de terre (pourriture annulaire et pourriture brune) Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (Cms) Ralstonia solanacearum (Rs) Administration des Services Techniques de l’Agriculture au Grand-Duché de Luxembourg Service de phytopathologie Test d’immunofluorescence (Test IF) PCR en temps réel Faux positifs Rs causés par Advenella Kit de purification d’ADN avec billes magnétiques | | Résumé : | Le flétrissement bactérien de la pomme de terre est provoqué par Ralstonia solanacearum (Rs) et Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (Cms). Ces deux agents bactériens sont classés parmi les maladies de quarantaine. Etant donné que les symptômes ne sont souvent visibles quand fin de saison, il est important de réaliser des tests de dépistage afin de détecter leur présence et de pouvoir prendre des mesures. C’est pour cela qu’il existe une surveillance obligatoire de Cms et de Rs au niveau européen. Au Grand-Duché de Luxembourg, cette surveillance est appliquée par l’Administration des Services Techniques de l’Agriculture (ASTA).
Les deux tests de dépistage réalisé au Grand-Duché de Luxembourg sont le test d’immunofluorescence (IF) et la PCR en temps réel. Le test IF est réalisé en premier et seulement si celui-ci est positif, la PCR en temps réel est faite. Si celle-ci est également positive, l’échantillon est envoyé dans un laboratoire externe et subit des tests supplémentaires, pour avoir une confirmation.
La problématique de ce travail est de trouver comment éliminer les faux positifs de Rs et de trouver une méthode de purification pour la PCR, pouvant être automatisée, cela afin de pouvoir rédiger un nouveau protocole adapté au diagnostic de Cms et Rs.
Afin d’éliminer les faux positifs de Rs, causés par une réaction croisée avec différentes espèces d’Advenella, l’ancienne sonde de PCR quantitative (RS-P) est comparée avec une nouvelle sonde (RSP-55T). Ensuite cette nouvelle sonde est testée à différentes concentrations de Master mix et avec différents paramètres du thermocycleur.
Dans une deuxième partie du travail, le kit de purification le plus adapté à une automatisation est recherché. Tout d’abord, le kit de purification « NucleoMag Tissue » et le « NucleoMag DNA Food » sont comparés selon le mode opératoire du fabricant. Cela, afin de déterminer le kit le plus approprié à une purification de Cms et Rs.
Ensuite le « NucleoMag Tissue » est testé en variant différents paramètres tels que la température d’incubation et la fréquence du broyage supplémentaire. Cela, afin d’augmenter l’efficacité de la purification et d’améliorer les résultats.
| | Nom de la société/Institution/Lieu de stage : | Services Techniques de l'Agriculture (ASTA) | | Année académique : | 2017-2018 | | Etudes : | Technologue de laboratoire médical |
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