| Titre : | Mise au point d’une technique d’extraction d’ARN viral | | Type de document : | TFE | | Auteurs : | Olivier Jacquemin, Auteur | | Editeur : | Angleur : HELMo Sainte-Julienne | | Année de publication : | 2020 | | Importance : | 58 p. | | Présentation : | ill. couleur | | Note générale : | TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier - Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2020 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Diagnostic Covid-19 Extraction ARN Virus SARS-CoV-2 Virus de Schmallenberg Stabilité ARN Extraction au TRIzol Extraction avec kit Smart Extract Extraction home made (NaOH – tampon acétate/acide acétique) Précipitation pH Température ß-mercaptoéthanol Détergents qRT-PCR | | Résumé : | Le 1er décembre 2019, le premier cas de maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) est détecté à Wuhan, en Chine. Ce virus, encore inconnu, est alors nommé 2019n-CoV par les médecins chinois. Cependant, ce n’est que le 27 décembre 2019 que le premier cas est officiellement déclaré par la république populaire de Chine.
Le 7 janvier 2020, l’organisation mondiale de la santé (OMS) annonce que l’agent pathogène est un nouveau coronavirus. Celui-ci est séquencé 3 jours plus tard et montre des similitudes
avec un autre coronavirus : le SARS-CoV.
Le 11 janvier 2020, ce nouveau coronavirus, précédemment appelé 2019n-CoV, est nommé officiellement SARS-CoV-2 et est déclaré responsable de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19).
Le 22 janvier 2020, trois villes chinoises de la province de Hubei sont mises en quarantaine : Wuhan, Huanggang et Ezhou.
A partir de ce stade, le virus se propage alors rapidement dans le monde entier.
La Covid-19 est qualifiée de pandémie par l’OMS le 11 mars 2020.
Face à cette rapide augmentation des cas de Covid-19, il est essentiel d’avoir une méthode de diagnostic fiable, rapide et applicable en grand nombre. Actuellement, la méthode de
diagnostic du SARS-CoV-2 (le virus responsable de la Covid-19) est basée sur l’extraction de son matériel génétique et l’amplification de celui-ci par qRT-PCR, c’est-à-dire par amplification quantitative (q) de son génome via une réaction de polymérisation en chaine (PCR) précédée par une transcription reverse (RT).
La méthode d’extraction d’ARN utilisée implique l’utilisation de TRIzol, un réactif en pénurie et incluant des composés toxiques (le phénol présent dans le TRIzol et du chloroforme). De
plus, cette méthode d’extraction est fastidieuse et est difficile à automatiser. Elle ne convient donc pas en état à une utilisation en routine à très grande échelle dans un laboratoire
d’analyses cliniques.
Ce TFE répond à une demande faite par l’Université de Namur. Ceux-ci souhaitent obtenir une nouvelle méthode d’extraction d’ARN viral ne dépendant pas du TRIzol et étant applicable
facilement et rapidement par les laboratoires d’analyses.
La firme Eurogentec commercialise un kit d’extraction d’ADN (SmartExtract – DNA Extraction Kit) qui a été proposé comme alternative à l’UNamur. Ce kit servira de base à l’extraction d’ARN viral. Etant donné que la première intention de ce kit n’est pas l’extraction de l’ARN et qu’il n’est généralement pas utilisé sur des prélèvements nasopharyngés (comme c’est le cas
pour la Covid-19), des adaptations de celui-ci devront être faites.
Afin d’effectuer les différents tests d’extraction, nous utiliserons le virus de Schmallenberg, virus animal non infectieux pour l’homme utilisé comme témoin d’extraction dans la
technique de diagnostic développée par l’UNamur. | | Nom de la société/Institution/Lieu de stage : | UNamur | | Année académique : | 2019-2020 | | Etudes : | Technologue de laboratoire médical |
Mise au point d’une technique d’extraction d’ARN viral [TFE] / Olivier Jacquemin, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2020 . - 58 p. : ill. couleur. TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier - Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2020 Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Diagnostic Covid-19 Extraction ARN Virus SARS-CoV-2 Virus de Schmallenberg Stabilité ARN Extraction au TRIzol Extraction avec kit Smart Extract Extraction home made (NaOH – tampon acétate/acide acétique) Précipitation pH Température ß-mercaptoéthanol Détergents qRT-PCR | | Résumé : | Le 1er décembre 2019, le premier cas de maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) est détecté à Wuhan, en Chine. Ce virus, encore inconnu, est alors nommé 2019n-CoV par les médecins chinois. Cependant, ce n’est que le 27 décembre 2019 que le premier cas est officiellement déclaré par la république populaire de Chine.
Le 7 janvier 2020, l’organisation mondiale de la santé (OMS) annonce que l’agent pathogène est un nouveau coronavirus. Celui-ci est séquencé 3 jours plus tard et montre des similitudes
avec un autre coronavirus : le SARS-CoV.
Le 11 janvier 2020, ce nouveau coronavirus, précédemment appelé 2019n-CoV, est nommé officiellement SARS-CoV-2 et est déclaré responsable de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19).
Le 22 janvier 2020, trois villes chinoises de la province de Hubei sont mises en quarantaine : Wuhan, Huanggang et Ezhou.
A partir de ce stade, le virus se propage alors rapidement dans le monde entier.
La Covid-19 est qualifiée de pandémie par l’OMS le 11 mars 2020.
Face à cette rapide augmentation des cas de Covid-19, il est essentiel d’avoir une méthode de diagnostic fiable, rapide et applicable en grand nombre. Actuellement, la méthode de
diagnostic du SARS-CoV-2 (le virus responsable de la Covid-19) est basée sur l’extraction de son matériel génétique et l’amplification de celui-ci par qRT-PCR, c’est-à-dire par amplification quantitative (q) de son génome via une réaction de polymérisation en chaine (PCR) précédée par une transcription reverse (RT).
La méthode d’extraction d’ARN utilisée implique l’utilisation de TRIzol, un réactif en pénurie et incluant des composés toxiques (le phénol présent dans le TRIzol et du chloroforme). De
plus, cette méthode d’extraction est fastidieuse et est difficile à automatiser. Elle ne convient donc pas en état à une utilisation en routine à très grande échelle dans un laboratoire
d’analyses cliniques.
Ce TFE répond à une demande faite par l’Université de Namur. Ceux-ci souhaitent obtenir une nouvelle méthode d’extraction d’ARN viral ne dépendant pas du TRIzol et étant applicable
facilement et rapidement par les laboratoires d’analyses.
La firme Eurogentec commercialise un kit d’extraction d’ADN (SmartExtract – DNA Extraction Kit) qui a été proposé comme alternative à l’UNamur. Ce kit servira de base à l’extraction d’ARN viral. Etant donné que la première intention de ce kit n’est pas l’extraction de l’ARN et qu’il n’est généralement pas utilisé sur des prélèvements nasopharyngés (comme c’est le cas
pour la Covid-19), des adaptations de celui-ci devront être faites.
Afin d’effectuer les différents tests d’extraction, nous utiliserons le virus de Schmallenberg, virus animal non infectieux pour l’homme utilisé comme témoin d’extraction dans la
technique de diagnostic développée par l’UNamur. | | Nom de la société/Institution/Lieu de stage : | UNamur | | Année académique : | 2019-2020 | | Etudes : | Technologue de laboratoire médical |
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Mise au point d’une technique d’extraction d’ARN viral / Olivier Jacquemin
