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Éditeur HELMo Sainte-Julienne
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Titre : Amélioration de la reconnaissance des cristaux par l’automate d’analyse de sédiment FUS-3000PLUS Type de document : TFE Auteurs : Hannah Mreyen, Auteur Editeur : Angleur : HELMo Sainte-Julienne Année de publication : 2023 Importance : 46 p. Présentation : ill. couleur Note générale : TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : cristallurie cristaux urinaires intelligence artificielle apprentissage automatique pH urinaire microscope à lumière polarisée FUS-3000PLUS classification manuelle amélioration du software Résumé : Jusqu’à récemment, l’analyse manuelle était la méthode la plus utilisée pour analyser les cristaux dans l’urine. Cependant, l’analyse manuelle peut être source de nombreuses erreurs
et prend beaucoup de temps. De plus, l’expérience et les connaissances nécessaires pour effectuer correctement cette analyse ne sont pas disponibles à tout moment, surtout la nuit
et le week-end.
Pour ces raisons, de nombreux automates ont été développés au cours des dernières années pour automatiser l’analyse des urines et l’analyse de la cristallurie.
Le FUS-3000PLUS est un appareil qui réalise les analyses d’urine. A ce jour, cet automate ne peut pas encore distinguer et classifier exactement les cristaux communs présents dans
l’urine. C’est pourquoi l’entreprise DIRUI, située en Chine, a conclu un contrat avec le CHU qui s’engage, contre rémunération, à analyser un grand nombre d’échantillons d’urine avec
cet automate et en parallèle, à reconnaitre et classer manuellement les cristaux contenus dans ces mêmes échantillons.
Le projet a été supporté également par la firme belge ANALIS.
Son représentant a été en contact direct avec la firme DIRUI et a transmis les informations de la Chine au CHU et inversement. Ce représentant a également eu la fonction de transmettre les données collectées lors de ce projet à l’équipe d’informaticiens de la firme DIRUI et, en échange, d’installer les nouvelles versions améliorées du software sur l’automate FUS-3000PLUS se trouvant au CHU.
L’objectif de ce projet est donc de créer la plus grande base de données possible d’images de cristaux afin que les informaticiens de l’entreprise DIRUI puissent développer, grâce à
l’intelligence artificielle et à l’apprentissage automatique, de nouveaux softwares pour l’automate FUS-3000PLUS, en vue d’améliorer la classification des cristaux.
Pour atteindre ces objectifs, une moyenne de 10 échantillons d’urine différents a été mise sur l’automate chaque jour et les cristaux contenus dans ces échantillons ont été identifiés
et classés manuellement.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : CHU Liège Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Gadisseur, Romy Promoteur : Raskin, Catherine Etudes : Technologue de laboratoire médical Amélioration de la reconnaissance des cristaux par l’automate d’analyse de sédiment FUS-3000PLUS [TFE] / Hannah Mreyen, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2023 . - 46 p. : ill. couleur.
TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023
Langues : Français (fre)
Mots-clés : cristallurie cristaux urinaires intelligence artificielle apprentissage automatique pH urinaire microscope à lumière polarisée FUS-3000PLUS classification manuelle amélioration du software Résumé : Jusqu’à récemment, l’analyse manuelle était la méthode la plus utilisée pour analyser les cristaux dans l’urine. Cependant, l’analyse manuelle peut être source de nombreuses erreurs
et prend beaucoup de temps. De plus, l’expérience et les connaissances nécessaires pour effectuer correctement cette analyse ne sont pas disponibles à tout moment, surtout la nuit
et le week-end.
Pour ces raisons, de nombreux automates ont été développés au cours des dernières années pour automatiser l’analyse des urines et l’analyse de la cristallurie.
Le FUS-3000PLUS est un appareil qui réalise les analyses d’urine. A ce jour, cet automate ne peut pas encore distinguer et classifier exactement les cristaux communs présents dans
l’urine. C’est pourquoi l’entreprise DIRUI, située en Chine, a conclu un contrat avec le CHU qui s’engage, contre rémunération, à analyser un grand nombre d’échantillons d’urine avec
cet automate et en parallèle, à reconnaitre et classer manuellement les cristaux contenus dans ces mêmes échantillons.
Le projet a été supporté également par la firme belge ANALIS.
Son représentant a été en contact direct avec la firme DIRUI et a transmis les informations de la Chine au CHU et inversement. Ce représentant a également eu la fonction de transmettre les données collectées lors de ce projet à l’équipe d’informaticiens de la firme DIRUI et, en échange, d’installer les nouvelles versions améliorées du software sur l’automate FUS-3000PLUS se trouvant au CHU.
L’objectif de ce projet est donc de créer la plus grande base de données possible d’images de cristaux afin que les informaticiens de l’entreprise DIRUI puissent développer, grâce à
l’intelligence artificielle et à l’apprentissage automatique, de nouveaux softwares pour l’automate FUS-3000PLUS, en vue d’améliorer la classification des cristaux.
Pour atteindre ces objectifs, une moyenne de 10 échantillons d’urine différents a été mise sur l’automate chaque jour et les cristaux contenus dans ces échantillons ont été identifiés
et classés manuellement.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : CHU Liège Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Gadisseur, Romy Promoteur : Raskin, Catherine Etudes : Technologue de laboratoire médical Exemplaires
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Validation du kit LUMIPULSE G NFL BLOOD de chez FUJIREBIO / Charlotte Flohimont
Titre : Validation du kit LUMIPULSE G NFL BLOOD de chez FUJIREBIO Type de document : TFE Auteurs : Charlotte Flohimont, Auteur Editeur : Angleur : HELMo Sainte-Julienne Année de publication : 2023 Importance : 41 p. Présentation : ill. couleur Note générale : TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical Langues : Français (fre) Mots-clés : kit NfL BLOOD nouvelle règlementation IVDR (In Vitro Diagnostic Regulation) validation analytique validation clinique neurofilament Lumipulse G1200 Résumé : Actuellement, il existe peu de tests pour le dépistage, le diagnostic et le suivi des troubles neurologiques. Nous voudrions valider et mettre en routine le nouveau kit de chez
FUJIREBIO pour l’étude des neurofilaments légers (NfL).
Le NfL a été choisi comme biomarqueur de référence pour les maladies neurodégénératives car celui-ci atteint des niveaux pathologiques lors de lésions neuro-axonales aiguës ou chroniques. Son utilisation est propice dans divers cas comme le diagnostic, la surveillance de la maladie ou encore la différenciation des troubles neurodégénératifs et des troubles non-neurodégénératifs. (Simrén J, 2022)
Le but de ce travail est de valider le kit NfL BLOOD de chez Fujirebio afin de l’utiliser en routine. Ce kit est actuellement utilisé exclusivement pour la recherche. Il ne contient pas de valeur de référence, ni de limite de quantification ou de détection car il s’agit d’un kit RUO (Research Use Only).
Au vu de la nouvelle règlementation IVDR (In Vitro Diagnostic Regulation), une validation complète du kit est requise. Pour satisfaire aux nouvelles normes, il va falloir procéder à une validation analytique mais aussi à une validation clinique.
Pour la validation analytique, il sera obligatoire de réaliser une comparaison de méthodes entre une version 1 et une version 2 du Kit Simoa® NF-lightTM Advantage Kit, deux versions
commercialisées par la firme Quanterix.
Nous effectuerons également une comparaison entre deux réalisations de la version 1; une faite en octobre et une en avril.
Il sera plus que judicieux de réaliser une répétabilité et une reproductibilité (R&R) sur sérum et sur plasma.
Nous comparerons aussi la version 1, la version 2 du Kit Simoa® NF-lightTM Advantage Kit et le kit NfL G BLOOD du Lumipulse G1200 pour des patients pathologiques comme des grands insuffisants rénaux, des patients neurologiques et des patients sous suivi psychiatrique. Ces patients seront cliniquement intéressants dans l’étude des différentes maladies neurodégénératives.
Nous réaliserons aussi une linéarité sur sérum pour le Lumipulse G1200 et nous effectuerons des tests pour définir où se trouve la limite de quantification.
Pour la validation clinique, nous essayerons de vérifier des valeurs de référence qui contribueront au diagnostic et à la surveillance des maladies neurologiques. Cela nous
permettra aussi d’introduire la quantification des NfL dans la routine clinique.
Grâce à la comparaison entre la version 1 du Simoa et la technique du Lumipulse pour des patients pathologiques, nous pourrons prouver la pertinence clinique de nos résultats.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : CHU Liège Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Ladang Etudes : Technologue de laboratoire médical Validation du kit LUMIPULSE G NFL BLOOD de chez FUJIREBIO [TFE] / Charlotte Flohimont, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2023 . - 41 p. : ill. couleur.
TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical
Langues : Français (fre)
Mots-clés : kit NfL BLOOD nouvelle règlementation IVDR (In Vitro Diagnostic Regulation) validation analytique validation clinique neurofilament Lumipulse G1200 Résumé : Actuellement, il existe peu de tests pour le dépistage, le diagnostic et le suivi des troubles neurologiques. Nous voudrions valider et mettre en routine le nouveau kit de chez
FUJIREBIO pour l’étude des neurofilaments légers (NfL).
Le NfL a été choisi comme biomarqueur de référence pour les maladies neurodégénératives car celui-ci atteint des niveaux pathologiques lors de lésions neuro-axonales aiguës ou chroniques. Son utilisation est propice dans divers cas comme le diagnostic, la surveillance de la maladie ou encore la différenciation des troubles neurodégénératifs et des troubles non-neurodégénératifs. (Simrén J, 2022)
Le but de ce travail est de valider le kit NfL BLOOD de chez Fujirebio afin de l’utiliser en routine. Ce kit est actuellement utilisé exclusivement pour la recherche. Il ne contient pas de valeur de référence, ni de limite de quantification ou de détection car il s’agit d’un kit RUO (Research Use Only).
Au vu de la nouvelle règlementation IVDR (In Vitro Diagnostic Regulation), une validation complète du kit est requise. Pour satisfaire aux nouvelles normes, il va falloir procéder à une validation analytique mais aussi à une validation clinique.
Pour la validation analytique, il sera obligatoire de réaliser une comparaison de méthodes entre une version 1 et une version 2 du Kit Simoa® NF-lightTM Advantage Kit, deux versions
commercialisées par la firme Quanterix.
Nous effectuerons également une comparaison entre deux réalisations de la version 1; une faite en octobre et une en avril.
Il sera plus que judicieux de réaliser une répétabilité et une reproductibilité (R&R) sur sérum et sur plasma.
Nous comparerons aussi la version 1, la version 2 du Kit Simoa® NF-lightTM Advantage Kit et le kit NfL G BLOOD du Lumipulse G1200 pour des patients pathologiques comme des grands insuffisants rénaux, des patients neurologiques et des patients sous suivi psychiatrique. Ces patients seront cliniquement intéressants dans l’étude des différentes maladies neurodégénératives.
Nous réaliserons aussi une linéarité sur sérum pour le Lumipulse G1200 et nous effectuerons des tests pour définir où se trouve la limite de quantification.
Pour la validation clinique, nous essayerons de vérifier des valeurs de référence qui contribueront au diagnostic et à la surveillance des maladies neurologiques. Cela nous
permettra aussi d’introduire la quantification des NfL dans la routine clinique.
Grâce à la comparaison entre la version 1 du Simoa et la technique du Lumipulse pour des patients pathologiques, nous pourrons prouver la pertinence clinique de nos résultats.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : CHU Liège Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Ladang Etudes : Technologue de laboratoire médical Exemplaires
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Analyse de l’impact du peroxyde d’hydrogène sur la phosphorylation de la protéine NKCC1 dans le cadre de l’étude de la carcinogénèse colorectale associée à l’inflammation / Elisabeta Myshkin
Titre : Analyse de l’impact du peroxyde d’hydrogène sur la phosphorylation de la protéine NKCC1 dans le cadre de l’étude de la carcinogénèse colorectale associée à l’inflammation Type de document : TFE Auteurs : Elisabeta Myshkin, Auteur Editeur : Angleur : HELMo Sainte-Julienne Année de publication : 2023 Importance : 57 p. Présentation : ill. couleur Note générale : TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : peroxyde d’hydrogène phosphorylation protéine NKCC1 carcinogénèse colorectale associée à l’inflammation western blot de NKCC1 Résumé : Le but de mon travail s’inscrit dans le contexte précis de l’étude du rôle de NKCC1 et de son activation par phosphorylation suite à un stress oxydant.
Mon travail a pour but de mettre au point les conditions de Western Blot dans une modèle cellulaire différent et plus simple, puis de l’étudier dans le modèle organoïde.
Concrètement, un stress oxydant va être induit dans trois lignées cellulaires immortalisées et commerciales (HCT116, HT29 et CACO-2) via un traitement par du peroxyde d’hydrogène.
Un western blot de NKCC1 et de sa forme phosphorylée sera effectué sur des extraits cellulaires.
Comme contrôle positif du stress oxydant, un western blot de la protéine Ataxia Telangiectasia Mutated (ATM) et de sa forme phosphorylée P-ATM sera réalisée également sur les mêmes extraits protéiques. En effet, la protéine ATM présente dans le noyau des cellules, a pour rôle de réparer les dommages génétiques (telle que la cassure doubles brins) produits par exemple par un stress oxydant ou des rayons ultra-violets.
La présence de mutations génétiques engendre alors l’activation de ATM par une phosphorylation de celle-ci.
Ensuite, ces expériences seront répliquées dans le modèle d’organoïdes intestinaux produits à partir de biopsies de la muqueuse de patients, collectées au Centre Hospitalier Universitaire de Liège en collaboration avec les endoscopistes.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : Laboratoire de gastro-entérologie translationnelle CHU de Liège - GIGA Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Meuwis, Marie-Alice Promoteur : Mahy, Florence Etudes : Technologue de laboratoire médical Analyse de l’impact du peroxyde d’hydrogène sur la phosphorylation de la protéine NKCC1 dans le cadre de l’étude de la carcinogénèse colorectale associée à l’inflammation [TFE] / Elisabeta Myshkin, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2023 . - 57 p. : ill. couleur.
TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023
Langues : Français (fre)
Mots-clés : peroxyde d’hydrogène phosphorylation protéine NKCC1 carcinogénèse colorectale associée à l’inflammation western blot de NKCC1 Résumé : Le but de mon travail s’inscrit dans le contexte précis de l’étude du rôle de NKCC1 et de son activation par phosphorylation suite à un stress oxydant.
Mon travail a pour but de mettre au point les conditions de Western Blot dans une modèle cellulaire différent et plus simple, puis de l’étudier dans le modèle organoïde.
Concrètement, un stress oxydant va être induit dans trois lignées cellulaires immortalisées et commerciales (HCT116, HT29 et CACO-2) via un traitement par du peroxyde d’hydrogène.
Un western blot de NKCC1 et de sa forme phosphorylée sera effectué sur des extraits cellulaires.
Comme contrôle positif du stress oxydant, un western blot de la protéine Ataxia Telangiectasia Mutated (ATM) et de sa forme phosphorylée P-ATM sera réalisée également sur les mêmes extraits protéiques. En effet, la protéine ATM présente dans le noyau des cellules, a pour rôle de réparer les dommages génétiques (telle que la cassure doubles brins) produits par exemple par un stress oxydant ou des rayons ultra-violets.
La présence de mutations génétiques engendre alors l’activation de ATM par une phosphorylation de celle-ci.
Ensuite, ces expériences seront répliquées dans le modèle d’organoïdes intestinaux produits à partir de biopsies de la muqueuse de patients, collectées au Centre Hospitalier Universitaire de Liège en collaboration avec les endoscopistes.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : Laboratoire de gastro-entérologie translationnelle CHU de Liège - GIGA Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Meuwis, Marie-Alice Promoteur : Mahy, Florence Etudes : Technologue de laboratoire médical Exemplaires
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Validation selon la norme ISO15189 de la méthode de microdilution en milieu liquide Eucast E.def.11.0 pour la détermination de la concentration minimale inhibitrice des dermatophytes / Cassandra Vervoort
Titre : Validation selon la norme ISO15189 de la méthode de microdilution en milieu liquide Eucast E.def.11.0 pour la détermination de la concentration minimale inhibitrice des dermatophytes Type de document : TFE Auteurs : Cassandra Vervoort, Auteur Editeur : Angleur : HELMo Sainte-Julienne Année de publication : 2023 Importance : 61 p. Présentation : ill. couleur Note générale : TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : norme ISO15189 microdilution en milieu liquide Eucast E.def.11.0 dermatophytes mycoses épidémiologie des mycoses Résumé : Ce travail de fin d’étude a été réalisé au sein du laboratoire de microbiologie clinique situé au CHU de Liège, plus précisément au Centre National de Référence des Mycose de Liège
(CNRML).
Le CNRLML a pour objectif d’expertiser et de surveiller l’épidémiologie des mycoses superficielles en Belgique. Avec cette étude, plus spécifiquement, leur mission consistait à valider la méthode de microdilution en milieu liquide du comité européen des tests de sensibilité aux antimicrobiens (EUCAST) E.def.11.0 pour les dermatophytes selon les normes définies par un organisme d’accréditation BELAC, plus particulièrement la norme ISO 15189.
Le but était notamment d’évaluer la répétabilité, la reproductibilité et la robustesse de la méthode.
Ces dernières années, l'émergence de résistances à la terbinafine qui est l’antifongique utilisé en première intention pour le traitement des dermatophytoses, a été observée chez les
dermatophytes, en particulier au sein de l’espèce Trichophyton indotineae. En réponse à cela, l'EUCAST a standardisé une méthode de microdilution en milieu liquide pour évaluer la
sensibilité des dermatophytes à différents antifongiques.
Cette méthode diffère de la méthode E.Def.9.2 publiée pour les moisissures sur plusieurs aspects, tels que le temps et la température d'incubation, l'ajout de cycloheximide et de chloramphénicol, ainsi que la lecture automatisée de la concentration minimale inhibitrice à 50% (MIC50), qui correspond à la concentration d'antifongique inhibant 50% de la croissance fongique.
Cette procédure standardisée permettra l’élargir l’accessibilité du test de sensibilité des dermatophytes pour les laboratoires et favorisera ainsi une thérapie plus appropriée pour le
patient. La réalisation d’antifongigramme chez les dermatophytes est importante, car la résistance à la terbinafine des dermatophytes s’étend rapidement et est généralement sous-diagnostiquée.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : Centre National de Référence des Mycoses de Liège Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Hayette, Marie-Pierre Promoteur : Ghuysen, Marie-Françoise Etudes : Technologue de laboratoire médical Validation selon la norme ISO15189 de la méthode de microdilution en milieu liquide Eucast E.def.11.0 pour la détermination de la concentration minimale inhibitrice des dermatophytes [TFE] / Cassandra Vervoort, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2023 . - 61 p. : ill. couleur.
TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023
Langues : Français (fre)
Mots-clés : norme ISO15189 microdilution en milieu liquide Eucast E.def.11.0 dermatophytes mycoses épidémiologie des mycoses Résumé : Ce travail de fin d’étude a été réalisé au sein du laboratoire de microbiologie clinique situé au CHU de Liège, plus précisément au Centre National de Référence des Mycose de Liège
(CNRML).
Le CNRLML a pour objectif d’expertiser et de surveiller l’épidémiologie des mycoses superficielles en Belgique. Avec cette étude, plus spécifiquement, leur mission consistait à valider la méthode de microdilution en milieu liquide du comité européen des tests de sensibilité aux antimicrobiens (EUCAST) E.def.11.0 pour les dermatophytes selon les normes définies par un organisme d’accréditation BELAC, plus particulièrement la norme ISO 15189.
Le but était notamment d’évaluer la répétabilité, la reproductibilité et la robustesse de la méthode.
Ces dernières années, l'émergence de résistances à la terbinafine qui est l’antifongique utilisé en première intention pour le traitement des dermatophytoses, a été observée chez les
dermatophytes, en particulier au sein de l’espèce Trichophyton indotineae. En réponse à cela, l'EUCAST a standardisé une méthode de microdilution en milieu liquide pour évaluer la
sensibilité des dermatophytes à différents antifongiques.
Cette méthode diffère de la méthode E.Def.9.2 publiée pour les moisissures sur plusieurs aspects, tels que le temps et la température d'incubation, l'ajout de cycloheximide et de chloramphénicol, ainsi que la lecture automatisée de la concentration minimale inhibitrice à 50% (MIC50), qui correspond à la concentration d'antifongique inhibant 50% de la croissance fongique.
Cette procédure standardisée permettra l’élargir l’accessibilité du test de sensibilité des dermatophytes pour les laboratoires et favorisera ainsi une thérapie plus appropriée pour le
patient. La réalisation d’antifongigramme chez les dermatophytes est importante, car la résistance à la terbinafine des dermatophytes s’étend rapidement et est généralement sous-diagnostiquée.Nom de la société/Institution/Lieu de stage : Centre National de Référence des Mycoses de Liège Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Hayette, Marie-Pierre Promoteur : Ghuysen, Marie-Françoise Etudes : Technologue de laboratoire médical Exemplaires
Rangé en Support Localisation Section Disponibilité Code-barres aucun exemplaire Veuillez-vous connecter pour avoir accès au texte du document
Criblage de conditions de sécrétion de l’expression de VHH anti-GFP dans Bacillus Subtilis / Makka Ampukajeva
Titre : Criblage de conditions de sécrétion de l’expression de VHH anti-GFP dans Bacillus Subtilis Type de document : TFE Auteurs : Makka Ampukajeva, Auteur Editeur : Angleur : HELMo Sainte-Julienne Année de publication : 2023 Importance : 40 p. Présentation : Couleur Note générale : TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : nanobody anti-GFP peptide signal production B.subtilis plasmide recombinant Résumé : Les nanobodies sont un type d’anticorps particulier isolé des camélidés et caractérisé par l’absence de chaine légères ainsi que d’une taille très petite d’environ 15 kDA. .Depuis leur
découverte en 1989, ils ont trouvé de nombreuses applications dans divers domaines médicaux.
En effet, de par leur petite taille, elles ont la capacité de pénétrer les tissus en profondeur et d’accéder à des cibles qui étaient auparavant inaccessibles aux anticorps classiques. De plus, leur production est nettement moins chère et plus facile.
Dans ce travail, l’objectif est d’exprimer et de sécréter un nanobody anti-GFP grâce à un plasmide d’intérêt nommés pBe_Pveg_GBP1_Enhancer_SpyTag3, sur lequel fut inséré une banque de 173 séquences codantes pour des peptides signaux.
En effet ce sont les peptides signaux qui constituent un rôle essentiel dans l’expression des nanobodies dans le milieu extérieur. Suite à cette insertion, une transformation a été réalisée à partir de la souche de E. coli NEB-10 beta afin obtenir un grand nombre de clones, conduisant ainsi à une extraction et une purification de tous les plasmides recombinants. Ces plasmides seront utilisés pour la transformation dans la souche B. subtilis RIK 1285 afin d’obtenir des clones capables de produire le nanobody anti-GFP+peptide signal.
Dans le but d’identifier les clones ayant exprimé le nanobody anti-GFP dans le milieu extérieur, trois méthodes de détection de l’expression de cette protéine sont mises en place :
- Un testing de la fluorescence émise par la GFP lorsque celle-ci est en présence du nanobody , basée sur le système GFP/GFP Binding Protein
- Un testing de l’interaction des nanobodies avec la protéine A par interférometrie
- Une migration sur gel polyacrylamide SDS-PAGE
De plus, pour obtenir une production optimale de nanobodies , nous avons testé différentes conditions de culture en faisait varier deux paramètres de production : le milieu de culture et le volume de la culture. En fonction du résultats obtenus, la mise en culture sera réalisée sur 384 clones recombinants selectionnés, obtenus suite à la transformation dans B.subtilis.
Ce travail a pour but dans un premier temps de produire le nanobody anti-GFP , puis d’identifier les clones recombinants produisant ces nanobodies à travers les trois méthodes citées , et enfin de séquencer les plasmides recombinants afin de déterminer la meilleure combinaison existante entre le plasmide d’intérêt et la séquence du peptide signal.
Nous avons pu ainsi séquencer cinq plasmides recombinants issus d’E. coli et de B. Subtilis.Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Brans, Alain Promoteur : Tollenaere, Stéphanie Etudes : Technologue de laboratoire médical Criblage de conditions de sécrétion de l’expression de VHH anti-GFP dans Bacillus Subtilis [TFE] / Makka Ampukajeva, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2023 . - 40 p. : Couleur.
TFE (Travail de Fin d'Etudes) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2023
Langues : Français (fre)
Mots-clés : nanobody anti-GFP peptide signal production B.subtilis plasmide recombinant Résumé : Les nanobodies sont un type d’anticorps particulier isolé des camélidés et caractérisé par l’absence de chaine légères ainsi que d’une taille très petite d’environ 15 kDA. .Depuis leur
découverte en 1989, ils ont trouvé de nombreuses applications dans divers domaines médicaux.
En effet, de par leur petite taille, elles ont la capacité de pénétrer les tissus en profondeur et d’accéder à des cibles qui étaient auparavant inaccessibles aux anticorps classiques. De plus, leur production est nettement moins chère et plus facile.
Dans ce travail, l’objectif est d’exprimer et de sécréter un nanobody anti-GFP grâce à un plasmide d’intérêt nommés pBe_Pveg_GBP1_Enhancer_SpyTag3, sur lequel fut inséré une banque de 173 séquences codantes pour des peptides signaux.
En effet ce sont les peptides signaux qui constituent un rôle essentiel dans l’expression des nanobodies dans le milieu extérieur. Suite à cette insertion, une transformation a été réalisée à partir de la souche de E. coli NEB-10 beta afin obtenir un grand nombre de clones, conduisant ainsi à une extraction et une purification de tous les plasmides recombinants. Ces plasmides seront utilisés pour la transformation dans la souche B. subtilis RIK 1285 afin d’obtenir des clones capables de produire le nanobody anti-GFP+peptide signal.
Dans le but d’identifier les clones ayant exprimé le nanobody anti-GFP dans le milieu extérieur, trois méthodes de détection de l’expression de cette protéine sont mises en place :
- Un testing de la fluorescence émise par la GFP lorsque celle-ci est en présence du nanobody , basée sur le système GFP/GFP Binding Protein
- Un testing de l’interaction des nanobodies avec la protéine A par interférometrie
- Une migration sur gel polyacrylamide SDS-PAGE
De plus, pour obtenir une production optimale de nanobodies , nous avons testé différentes conditions de culture en faisait varier deux paramètres de production : le milieu de culture et le volume de la culture. En fonction du résultats obtenus, la mise en culture sera réalisée sur 384 clones recombinants selectionnés, obtenus suite à la transformation dans B.subtilis.
Ce travail a pour but dans un premier temps de produire le nanobody anti-GFP , puis d’identifier les clones recombinants produisant ces nanobodies à travers les trois méthodes citées , et enfin de séquencer les plasmides recombinants afin de déterminer la meilleure combinaison existante entre le plasmide d’intérêt et la séquence du peptide signal.
Nous avons pu ainsi séquencer cinq plasmides recombinants issus d’E. coli et de B. Subtilis.Année académique : 2022-2023 Maître de Stage : Brans, Alain Promoteur : Tollenaere, Stéphanie Etudes : Technologue de laboratoire médical Exemplaires
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Cross-validation d’un panel de gènes tumoraux entre le séquenceur GeneReader et le séquenceur MiSeq / Mélanie Gilée
PermalinkMise au point et évaluation de méthodes de contrôle qualité d’une poudre d’insectes pour la supplémentation alimentaire humaine / Romain Barroit
PermalinkValidation de deux appareils destinés à l’analyse semi-automatisée des urines : LabUReader plus 2 et le sediMax lite / Salma Nachdi
PermalinkCaractérisation histologique de la paroi aortique d’un patient atteint d’un anévrisme disséquant de l’aorte thoracique ascendante / Stanislas Momankoukou Youmi
PermalinkDéveloppement d’une méthode pour le criblage haut débit de clones recombinants de Pichia pastoris sécrétant un anticorps à domaine unique / Thomas Loly
PermalinkEvaluation de l’analyse clonale des TCR par deux méthodes / Timo Theissen
PermalinkMise au point des conditions favorables pour la production des nanobodies dans Bacillus subtilis et Escherichia coli / Vanessa Andres
PermalinkImpact de l’ozone sur le microenvironnement pulmonaire murin / Yasmine Ouazouz
PermalinkRecherche de peptides dirigés contre la C5 carnitine (isovaleryl-L-carnitine) et le MCPA-carnitine à l’aide de la technique du phage display / Zainab Choumane
PermalinkValidation de l’automate d’immuno-hématologie Eflexis (Grifols) au laboratoire de la Citadelle de Liège / Zoé Dewandre
Permalink