Titre : | Standardisation des méthodes d'extraction pour l'analyse de la diversité métabolique des bactéries dans les sols | Type de document : | TFE | Auteurs : | Coralie Labye, Auteur | Editeur : | Angleur : HELMo Sainte-Julienne | Année de publication : | 2015 | Note générale : | Travail de fin d'études (TFE) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2015 | Langues : | Français (fre) | Résumé : | Le sol est un élément essentiel de la biosphère terrestre en raison des multiples fonctions environnementales qu’il assure. Depuis des décennies, les activités anthropiques affectent notre environnement et induisent des modifications au sein des sols. Le sol étant une ressource essentielle, limitée et non renouvelable à l’échelle des générations humaines, sa protection vis-à-vis de ces dégradations, ainsi que le maintien de sa qualité sont essentiels.
La qualité du sol est sa capacité à continuer à fonctionner en tant que système vivant, au sein d’écosystèmes naturels ou gérés, dans le but de maintenir la productivité biologique, de maintenir ou d’augmenter la qualité de l’eau et de l’air et de promouvoir la santé des animaux, des végétaux et des hommes. L’estimation de la qualité du sol requiert l’utilisation d’indicateurs. Trois catégories d’indicateurs différents peuvent être utilisées pour étudier la qualité du sol : les indicateurs chimiques, physiques et biologiques. Les indicateurs biologiques sont les plus sensibles aux modifications du milieu et reflètent donc les propriétés dynamiques du sol.
Un des indicateurs biologiques est la diversité métabolique. Elle est mesurée avec le système de Biolog EcoPlate qui mesure, parmi 31 substrats carbonés, le nombre et le type utilisés par les micro-organismes.
Les Biolog doivent être inoculés avec les bactéries extraites des sols. Dans la littérature, différents procédés d’extraction ainsi que différents tampons d’extraction sont utilisés. Le rendement de ces différents types de méthodes d’extraction et leur influence sur la mesure de la densité métabolique n’ont pas encore été étudiés.
L’objectif de ce travail, est de déterminer si 3 méthodes d’extraction différentes (vortex et cholate de sodium, vortex et NaCl et agitateur rotatif et NaCl) testées sur 4 sols de milieux différents (agricole, prairial, chênaie, pessière) influencent le rendement d’extraction ainsi que la diversité métabolique mesurée via les Biolog EcoPlate.
Dans un premier temps, des comptages d’une unité formant colonie (UFC) des 4 types de sol par les 3 techniques d’extraction différentes sont réalisés à différentes concentrations. Cette étape a permis de déterminer la concentration optimale pour l’inoculation des plaques Biolog. Dans un deuxième temps, ces plaques seront inoculées et la richesse métabolique pourra être déterminée.
D’après les résultats obtenus dans ce travail, il existe des différences de rendement selon la méthode d’extraction considérée et le type de sol. Des différences de richesse métabolique ont également été constatées selon la méthode d’extraction considérée ainsi que le type de sol. |
Standardisation des méthodes d'extraction pour l'analyse de la diversité métabolique des bactéries dans les sols [TFE] / Coralie Labye, Auteur . - Angleur : HELMo Sainte-Julienne, 2015. Travail de fin d'études (TFE) -- Bachelier-Technologue de laboratoire médical -- HELMo Sainte-Julienne, Angleur, 2015 Langues : Français ( fre) Résumé : | Le sol est un élément essentiel de la biosphère terrestre en raison des multiples fonctions environnementales qu’il assure. Depuis des décennies, les activités anthropiques affectent notre environnement et induisent des modifications au sein des sols. Le sol étant une ressource essentielle, limitée et non renouvelable à l’échelle des générations humaines, sa protection vis-à-vis de ces dégradations, ainsi que le maintien de sa qualité sont essentiels.
La qualité du sol est sa capacité à continuer à fonctionner en tant que système vivant, au sein d’écosystèmes naturels ou gérés, dans le but de maintenir la productivité biologique, de maintenir ou d’augmenter la qualité de l’eau et de l’air et de promouvoir la santé des animaux, des végétaux et des hommes. L’estimation de la qualité du sol requiert l’utilisation d’indicateurs. Trois catégories d’indicateurs différents peuvent être utilisées pour étudier la qualité du sol : les indicateurs chimiques, physiques et biologiques. Les indicateurs biologiques sont les plus sensibles aux modifications du milieu et reflètent donc les propriétés dynamiques du sol.
Un des indicateurs biologiques est la diversité métabolique. Elle est mesurée avec le système de Biolog EcoPlate qui mesure, parmi 31 substrats carbonés, le nombre et le type utilisés par les micro-organismes.
Les Biolog doivent être inoculés avec les bactéries extraites des sols. Dans la littérature, différents procédés d’extraction ainsi que différents tampons d’extraction sont utilisés. Le rendement de ces différents types de méthodes d’extraction et leur influence sur la mesure de la densité métabolique n’ont pas encore été étudiés.
L’objectif de ce travail, est de déterminer si 3 méthodes d’extraction différentes (vortex et cholate de sodium, vortex et NaCl et agitateur rotatif et NaCl) testées sur 4 sols de milieux différents (agricole, prairial, chênaie, pessière) influencent le rendement d’extraction ainsi que la diversité métabolique mesurée via les Biolog EcoPlate.
Dans un premier temps, des comptages d’une unité formant colonie (UFC) des 4 types de sol par les 3 techniques d’extraction différentes sont réalisés à différentes concentrations. Cette étape a permis de déterminer la concentration optimale pour l’inoculation des plaques Biolog. Dans un deuxième temps, ces plaques seront inoculées et la richesse métabolique pourra être déterminée.
D’après les résultats obtenus dans ce travail, il existe des différences de rendement selon la méthode d’extraction considérée et le type de sol. Des différences de richesse métabolique ont également été constatées selon la méthode d’extraction considérée ainsi que le type de sol. |
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